بررسی تاثیر هسپرتین بر سه فاکتور پیش آپوپتوزی Bad، Bak، و Bim در محیط شبیه سازی شده

مقدمه: بسیاری از ترکیبات مشتق شده از گیاهان دارویی مانند آنتی‌اکسیدان‌ها و پلی فنل ها نقش بسزایی در پیشگیری و درمان انواع سرطان ها دارند. یکی از فرایندهای مهار سرطان، فعال کردن مسیر آپوپتوز است و ما قصد داریم در این مطالعه، تأثیر دینامیک مولکولی هسپرتین (Hesperetin) را بر روی فاکتورهای پیش آپوپتوزی Bad، Bak و Bim در محیط شبیه‌سازی‌شده بررسی نماییم. روش کار: اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی و فایل های PDB (Protein Data Bank)سه فاکتور آپوپتوزی Bad، Bak و Bim را از پایگاه اطلاعاتی www.rcsb.org دریافت کردیم و با استفاده از نرم افزارهای AutoDock v.4.2, VMD v.1.9.2 و Gromacs v.4.5.4 فرایندهای بهینه‌سازی، شبیه‌سازی، اتصال مولکولی و محاسبات دینامیک مولکولی را انجام دادیم. نتایج: مولکول Bad در اتصال با هسپرتین بیشترین میزان انرژی را آزاد می‌کند در حالی که تغییرات مربوط به شعاع چرخشی (Radius of Gyration) پروتئین  Badبعد از اتصال هسپرتین کاهش ولی برای پروتئین های Bak و Bim افزایش یافت. بیشترین تغییر ساختار دوم پروتئین مربوط به افزایش میزان ساختار Bent و کاهش میزان ساختار β-Sheet در مولکول Bim بود. بحث و نتیجه‌گیری: هسپرتین با تأثیر بر دینامیک مولکولی فاکتور های پیش آپوپتوزی Bad، Bak و Bim می‌تواند فعالیت آن‌ها را تحت تأثیر قرار دهد. هر چند که به نظر می‌رسد بیشترین تأثیر را در فعال کردن مولکول Bad دارد و با ایجاد تغییر در ساختار دوم پروتئین Bim می‌تواند منجر به فعال کردن این پروتئین و القاء آپوپتوز شود.